El edificio ha albergado la Comisión Europea desde su construcción, y se ha convertido en un símbolo de la Comisión (su nombre convirtiéndose en una metonimia de la Comisión) y la presencia europea en Bruselas. La propia Comisión se extiende por unos 60 edificios impares, pero el Berlaymont es la sede de la institución, de ser la sede de la presidente de la Comisión Europea y su Colegio de Comisarios.
Los siguientes Direcciones Generales (departamentos) también se basan en el Berlaymont: Recursos Humanos y Seguridad (HR), Oficina de Consejeros de Política Europea (BEPA), Comunicación (COMM), Bruselas Oficina de Infraestructura y Logística (OIB), Secretaría General (SG) y el Servicio Jurídico (SJ).
La oficina del presidente y de la sala de juntas de la Comisión están en el piso 13 (ocupado por el Presidente en el desafío de la superstición que rodea el número), junto con la sala de reuniones de la Hebdo y el restaurante La Convivialité.
