La iglesia pertenece a la Iglesia de Inglaterra, y se encontraba justo a la salida de la antigua ciudad amurallada de Oxford.
Había antes en este lugar una estación sajona hace mil años, pero se quemó en 1074. Robert D’Oilli, el gobernador normando de Oxford, que también construyó el castillo de la ciudad, hizo construir una capilla de una nave para remplazar la antigua iglesia.
St Hugh, obispo de Lincoln, volvió a construir la iglesia en 1194.
Después de la reforma, la iglesia cambia de nombre. Antes era la de St Frideswide, el san patrón de la ciudad, y después se quedó unos siglos como Christ Church. El nombre de Mary Magdalen data del siglo XIX.
