El monasterio fue fundado en 1301 por Alonso Pérez de Guzmán, más conocido como Guzmán el Bueno, y su mujer María Alonso Coronel, fundadores de la Casa de Medina Sidonia, como panteón familiar y como testimonio de su piedad, siendo rey Fernando IV de Castilla. La edificación tuvo lugar sobre una ermita mozárabe en que según la tradición estuvo enterrado San Isidoro de Sevilla, hasta que fue traslado a la Basílica de San Isidoro de León en 1063. Juan Alonso, hijo del matrimonio, construyó adosada a la iglesia levantada por sus padres otra nave, siendo ambas conocidas como las iglesias gemelas.
