Se trata de un conjunto histórico y monumental, construido entre finales del siglo XII y el XIV sobre el antiguo monasterio; en un principio sirvió como abadía, consagrada a San Emeterio y San Celedonio, conocida como la Abadía de los Cuerpos Santos. La iglesia se levantó sobre un cerro rodeado de agua, donde estuvo el asentamiento romano del Puerto de la Victoria, a partir del siglo VIII para guardar las reliquias de los mártires sacrificados en Calahorra cinco siglos antes. Sus cráneos fueron traídos por los que huían del dominio musulmán de la península ibérica.
