La Iglesia responde al clásico modelo de templo generacional y está inspirada en la del Jesús de Roma, realizada por Vignola y Della Porta. Es de planta de cruz latina, con capillas laterales intercomunicadores y gran cúpula en el crucero. El magnífico retablo es obra del hermano Francisco Bautista y fue realizado entre 1618 y 1629. Algunos lienzos originales del retablo, debidos a Ángelo Nardi, se trasladaron a Madrid en el siglo XIX.
