En el lugar de la iglesia románica de San Pedro ad Vincula (llamada S. Pierino) está ubicada la más antigua Iglesia de S. Pietro ai Sette Pini, mencionada por primera vez en el año 763 d.C. y de la cual no quedan indicios claros. La Iglesia de San Pedro es una de las tres iglesias pisanas, junto con Santa Cristina y Santa Margarita, atestiguadas en la época longobarda.
La nueva iglesia se consagró en 1118. La fase románica había previsto un edificio constituido por dos planos: la iglesia, elevada respecto al plano viario, y un plano subterráneo ocupado por una cripta con cubierta de crucería sobre columnas de piedra, utilizada sucesivamente como área funeraria, como demuestran las inscripciones sepulcrales grabadas en las columnas.
