Se trata de una iglesia con planta de cruz latina, tres naves longitudinales, nave transversal o crucero y cabecera pentagonal. Carece de girola. Los dos hastiales del transepto alojan dos grandes ventanales-rosetones que acentúan la luminosidad interior del templo. Las naves hasta el crucero, de las que es más ancha y elevada la central, se segmentan en cinco tramos cubiertos con bóvedas bar longas de crucería simple. Los dos brazos del transepto constan de dos tramos abovedados de igual manera.

INTERIOR

Vista la basílica desde el exterior, es importante destacar la portada principal, situada entre las dos torres a modo de retablo, y sobre la cual podemos observar la figura martirizada de San Sebastián, los símbolos papales que le otorgan la categoría de basílica menor y el escudo de la ciudad coronando el edificio.